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太湖蓝藻暴发后，直接打捞蓝藻作为应急措施已经持续近一个月，每天都有1000多吨蓝藻水从太湖水体中打捞上来，如不妥善处理，打捞上来的蓝藻水容易通过渗漏、径流重新回到太湖水域造成二次污染，因此，如何处置日益增多的蓝藻水成了重要而紧迫的现实问题。
蓝藻水处理途径很多，诸如:将其加工成类似螺旋藻、牲畜蛋白质饲料、高效氨基酸肥料；和秸秆一起堆制有机肥；和垃圾一起填埋；将蓝藻水直接施入旱地、林地、水田；作为原料进行沼气厌氧发酵等等。归纳起来是:产业化开发、无害化处理、资源化利用。这些处理方法有的已经在国外变成了现实，有报道称美国生产出的蓝藻胶囊，其保健性能超过螺旋藻；墨西哥等国采用人工培养的方法，生产蓝藻干粉，每公斤出口价在5美元以上；而日本等国则用湖靛干粉制成食品营养添加剂和高品质的禽畜精饲料，并从中提取维生素E或其他药物。我国蓝藻开发利用方面的研究不低于国际同行，只是尚未进行产业化开发，配套技术仍需要探索。
蓝藻水无害化处理和资源化利用，尤其是产业化开发遇到的最大问题是打捞量大，含水量高，脱水、脱毒困难。仅在太湖岸边打捞蓝藻，每天的打捞量就高达1000吨，甚至接近2000吨，如果在整个太湖打捞，每天的打捞量可能是目前的数倍，或者数十倍，很难找到合适的场所来销纳如此多的蓝藻。蓝藻水中的水分高达97％以上，常规的脱水方法很难将蓝藻分离出来，用喷雾干燥法去除水分，代价昂贵。将蓝藻开发成保健食品、饲料、氨基酸肥料涉及的环节非常多，不仅涉及到脱水、脱毒，还涉及到有益成分的动态变化。脱水脱毒应该掌握到什么程度，才能开发出食品、饲料和肥料，这些产品市场竞争力如何等等都是有待探索的问题。
资源化利用应是应急处理的首要选择。如果每亩旱地、林地浇灌5~10吨蓝藻水，每天打捞的蓝藻仅需要150~300亩土地(以每天打捞1500吨推算)。和其他利用方式相比，直接还田是最经济的办法，但不是最安全的办法，因为蓝藻中含有藻毒素，这些藻毒素对种子、根、茎、叶的影响如何，在土壤中的消解规律仍然不太清楚，虽然沿湖农民有利用湖靛作肥料的传统，这个传统具有合理性，但未必具有科学性。在众多利用方式中，最安全的办法是将蓝藻水和秸秆、稻糠、锯末等生物质一起作为发酵原料通过厌氧发酵生产沼气，沼气发电或者直接燃烧加以利用，沼渣沼液还田，或者将沼渣开发成饲料或者有机肥料。1个1000立方米的沼气池，每天可处理蓝藻水50吨，1500吨蓝藻水，只需要建30个1000立方米的沼气池。以每个沼气池投资320万元推算，沼气池投资9600万元。这个沼气池具有多种功能，起到一举多得的作用，彻底消灭了藻毒素，解决了秸秆出路，和生活垃圾、人畜粪尿、楼堂管所餐桌污染治理结合起来，解决农村有机污染问题。建议将沼气建设作为处理蓝藻水的首要选项。江苏省农林厅 李荣刚
