为了保障全市人民的饮水安全和厦门市的可持续发展，1999年以来，漳州市连年把九龙江流域水环境综合整治列入为民办实事项目，并把它作为全市经济社会发展的一个重要内容来抓。进几年来，累计投入资金13亿多元，彻底扭转了九龙江水质恶化的局势，大大改善了中下游流域水环境质量。目前，流域内Ⅰ类~Ⅲ类水质比例从1995年的57.3％稳步提高到2005年后的95％以上；2007年度城市的两个饮用水水源地水质达标率也均为100％。
近年来，漳州市下大力气倡导生态文明，加强舆论监督，使保护环境、保护母亲河的意识正在整个流域城乡深入人心。目前，全市已累计建成国家级森林公园4个，省级森林公园1个，国家地质公园1个，形成了一个比较完善的自然保护区网络。建立了无公害农产品基地60个，面积达52万亩；绿色食品产地面积超过37.4万亩，全市绿色食品产品总数占全省30％以上。
漳州市还与厦门市联合开展九龙江北溪饮用水水源保护“三联合”行动，通过联合巡查、联合监测、联合治理等方式，建立信息共享平台，推进厦、漳两市经济效益、环境效益和社会效益的协调发展。
